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10703423(小妮-UniqueGene

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ChIP-Seq


基因表达是一个受多因素调控的复杂过程。组蛋白是染色体基本结构-核小体中的重要组成部分,其N-末端氨基酸残基可发生乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化、多聚ADP糖基化等多种共价修饰作用。组蛋白的修饰可通过影响组蛋白与DNA双链的亲和性从而改变染色质的疏松或凝集状态,或通过影响其它转录因子与结构基因启动子的亲和性来发挥基因调控作用。组蛋白修饰对基因表达的调控有类似DNA遗传密码的调控作用。

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin ImmunoprecipitationChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,并通过测序,在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点,且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。





  
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技术参数


样品要求

质量≥20ng,浓度≥1ng/ul

文库类型

ChIP-seq文库

测序平台和类型

HiSeq PE 150

测序策略

20M / 40M Reads

项目周期

30个工作日

研究目的

转录因子

组蛋白

标准分析内容

测序数据质量评估

与参考基因组比对

peakcalling

motif分析

peak峰相关基因注释

差异peak分析

相关基因功能分析

测序数据质量评估

与参考基因组比对

peakcalling

peak峰相关基因注释

差异peak分析

相关基因功能分析