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蛋白全鉴定


蛋白质组学的核心内容之一就是蛋白质鉴定。传统的方法如蛋白质微量测序、氨基酸组成分析(如Edman 降解法)费时费力、通量低,存在不容易实现规模化和自动化,结果灵敏度差等问题。当前主流的基于软电离技术的液相色谱-质谱系统(LC-MS/MS)是实现高通量蛋白组全谱鉴定的主要方法。


技术特点

1、通量大:一次实验可鉴定6000多种蛋白质(以人HepG2为例);

2、结果准确可靠:质量精度可达到1ppm以下,分辨率能达到4×104以上,可提供高质量的数据;

3、适用范围广泛:对物种要求无限制,理论上适用于任何物种。


适用范围

要求物种具有蛋白质参考数据库、EST序列(转录组)或基因组注释信息。

  
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技术参数


样品要求

1. 动物组织:要求干重不少于100 mg

2. 植物组织和菌体:要求干重不少于2 g

3. 细胞样品:要求细胞数大于5×106

4. 体液样品:全血要求5 ml 以上;血清/血浆要求500 μl 以上;尿液需50 ml 以上(送样前需1000g离心5min,弃去沉淀);其他体液(唾液、羊水、脑脊液等)要求5 ml 以上。为了避免溶血所致的蛋白干扰,一般不建议送全血;

5. 富含杂质或蛋白质含量低的样品(如植物的根、木质部、韧皮部组织等):要求干重不少于5 g,酌情考虑;

6. 蛋白质提取物:要求浓度不少于1 μg/μl,蛋白量不少于500 μg

7. 肽段分析:消化前蛋白量不少于50μg

项目周期

55个工作日

分析内容

1. 多肽、蛋白质鉴定;

2. 鉴定结果特征分析:

a. 肽段程度分布

b. 蛋白鉴定覆盖度

c. unique肽段数分布等;

3. GO功能分类

4. COG功能注释

5. Pathway通路注释;

6. 蛋白质网络互作预测;

7. 蛋白质Domain分析。