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简化基因组重测序


    简化基因组测序Reduced Representation Genome Sequencing, RRGS)是一种利用酶切技术、序列捕获芯片技术或其他实验手段降低物种基因组复杂程度,应用高通量测序技术进行测定,获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。目前常见的简化基因组技术包括RADRestriction site Associated DNA)、GBSGenotyping By Sequencing)等。这些技术都可以在极短的时间内开发出成千上万的SNP 标记,可用于开展变异检测、遗传作图、群体进化分析、关联分析等研究工作。





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技术参数


样品要求

DNA总量≥3μg,浓度≥30 ng/μl

文库类型

300-500bp小片段文库

测序平台和类型

HiSeq PE150

测序策略

10~20Tags,平均8×/Tag

研究目的

变异检测

遗传图谱

基因定位

群体进化

关联分析

其他要求

 

群体150

 

混池单株数>20

测序深度>20×

已有参考基因组序列

150

300个体

1. 已有参考基因组序列的动植物自然群体;
2.
样本间无明显的亚群分化(如生殖隔离等);
3.
所研究表型性状遗传力较强。

项目周期

30个工作日

50个工作日

50个工作日

50个工作日

50个工作日

分析内容

测序数据质量评估

与参考基因组比对(有参)

GBS Tag聚类(无参)

SNP检测、注释及统计

测序数据质量评估

与参考基因组比对(有参)

与拟参考基因组比对(无参)

群体SNP检测及注释

遗传标记开发及过滤

遗传图谱构建及质量评估

与参考基因组比对

SNPInDel检测及注释

子代SNPInDel频率差异分析

目标性状区域定位

候选基因提取和功能注释

测序数据质量评估

序列比对(有参)或序列聚类(无参)

群体SNP检测

进化树构建

主成分分析

群体遗传结构分析

连锁不平衡分析(有参)

选择消除分析(有参)

测序数据质量评估

与参考基因组比对

SNP检测及注释

构建系统进化树
群体主成分分析
性状关联分析
目标性状相关区域基因功能注释