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全基因组甲基化

   

    甲基化是一种常见的表观遗传修饰,其发生机制是由DNA甲基转移酶(DNA methyl-transferase, Dnmt)催化,以S-腺苷甲硫氨酸(SAM)作为甲基供体,DNA上的胞嘧啶被选择性地添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶。通常,DNA的甲基化会抑制基因表达。DNA的甲基化状态对染色体的结构维持、X染色体失活、基因印记以及胚胎发育、正常细胞功能维持,乃至疾病、癌症发生都是十分重要的。


    全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite SequencingWGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和Illumina HiSeq高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种在全基因组水平进行高精准甲基化研究,是甲基化测序的金标准。WGBS可以达到单碱基分辨率,精确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态,是精确构建全基因组甲基化图谱的最优选择。具有“高效、精准、超值”的优势,已广泛应用于人和动植物研究。















  
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技术参数


样品要求(总量、浓度、检测方式)

DNA  浓度≥30ng/ul

文库类型

甲基化文库

测序平台和类型

HiSeq PE 150

测序策略

大基因组物种:30X基因组

小基因组物种: 2G

其他要求

数据量:样品总量

25G: ≥5 ?g

26~50G: ≥10 ?g

51~75G: ≥15 ?g

76~100G: ≥20 ?g

项目周期

70个工作日

标准分析内容

测序数据质量评估

与参考基因组比对

甲基化位点calling

甲基化分布

差异甲基化分析

相关基因分析(GOKEGGinterpro富集分析)

多样本分析(PCA分析多样本甲基化变化规律)