027-59760427800

155-2714-3378

10703423(小妮-UniqueGene

service@vkashmirtourismpackage.com.cn

基因组de novo


基因组从头测序(de novo sequencing)是指在不需要参考基因组信息的情况下对某物种进行基因组测序,并用生物信息分析进行拼接、组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱。利用全基因组从头测序,可以获得动物、植物、细菌、真菌等的全基因组序列图谱,从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究,加深对目标物种的认识,在新基因的发现、物种改良等方面发挥巨大作用。

  
辉煌棋牌官网
动态新闻:???

技术参数


基因组类型

简单基因组

(重复序列<50%

杂合率<0.5

复杂基因组

(重复序列>50%

杂合率>0.5

细菌完成图

真菌精细图

三代参与补洞

二代小片段(100×)

+三代(10×)

二代小片段(200×)

+三代(10×)

 

+三混合拼接

二代小片段(100×)+三代(40×)

二代小片段(20×)

+三代(70×)

全三代拼接

三代(60×)

三代(80×)

三代(50×)

 

项目周期

6-12个月

50个工作日

60个工作日

生物信息分析内容

组装:

组装结果评估

注释:

重复序列注释

基因结构注释

基因功能注释

非编码RNA注释

生物学分析:

比较基因组学分析

基因家族分析

系统进化分析

正选择分析

共线性分析

个性化分析:

针对物种自身特点制定分析方案

有参考基因组de novo 测序:

特有基因检测

变异检测

组装:

组装结果评估

基因组结构研究:

编码/非编码基因预测

重复序列分析

基因岛预测

基因基本功能注释:

常见功能数据库注释

全基因组功能圈图展示

基因组甲基化修饰分析

菌株致病相关研究:

分泌系统效应蛋白

病原与宿主互作

分泌蛋白

次级代谢产物基因簇

病原数据库注释(VFDBARDB

碳水化合物相关酶(CAZy

组装:

组装结果评估

基因组结构研究:

编码基因预测

ncRNA预测

重复序列分析

基因基本功能注释:

常见功能数据库注释

菌株致病相关研究:

病原与宿主互作(PHI

分泌蛋白

细胞色素P450

碳水化合物相关酶(CAZy

次级代谢产物基因簇