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LncRNA测序


长链非编码RNAlong noncoding RNA, lncRNA)是一类长度超过200 nt的长链非编码RNA,通过与DNARNA或蛋白质结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。LncRNA的研究作为RNA研究的新领域,在生产、生活、健康方面具有重要意义,可通过不同的分子生物学机制调控编码基因的表达,在生产上对物种的改良,在人类健康方面参与疾病相关的信号通路从而对疾病的发生发展及治疗有重要作用。


测序采用Illumina HiSeq平台进行测序,针对有参考基因组样本开展准确的lncRNA鉴定和lncRNA靶基因预测,同时提供针对测序数据中mRNA的分析,结果更全面,广泛应用于医学、农学研究领域。

  
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技术参数


样品要求

RNA总量>4μg,浓度>180ng/μl

文库类型

链特异性文库

测序平台和类型

HiSeq PE150

测序策略

>12G Clean Data

项目周期

45个工作日

分析内容

lncRNA分析

mRNA分析

lncRNA拼接组装
lncRNA
位点筛选
lncRNA
编码潜能分析
lncRNA
描述性统计
lncRNA
靶基因预测
lncRNA
保守性分析
ORF
长度分析及exon个数分析
表达水平分析及差异表达分析

反义转录本鉴定
可变剪切分析
差异基因富集分析
TSS
TTS位点统计
SNP/InDel
分析
mRNA
保守性分析
ORF
长度分析及exon个数分析
表达水平分析及差异表达分析

差异表达lncRNA的靶基因与差异表达mRNA取交集
lncRNA-mRNA
共表达网络构建