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单细胞转录组


单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单个细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术,针对单个细胞研究其整体水平的基因表达情况,成功解决细胞分子机制研究中常见的细胞异质性、细胞量少而无法进行常规高通量测序等难题。


    单细胞转录组测序技术主要用于在全基因组范围内挖掘基因调控网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体。单细胞转录组分析,有助于深入理解细胞分化、细胞重编程及转分化等过程及相关的基因调控网络。


  
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技术参数


样品要求

1-1000个新鲜细胞

文库类型

普通文库

测序平台和类型

HiSeq PE150

测序策略

6-12G数据

项目周期

40个工作日

分析内容

数据质控

参考基因组比对

新转录本预测

基因结构优化

可变剪切事件分类

可变剪切数量统计

变异检测SNP/InDel分析

数据质量评估

基因表达水平分析

差异基因表达水平分析

差异基因GO/KEGG富集分析

差异基因蛋白互作网络分析

RNA-seq整体质量评估